Internamente, la basilica romanica era a tre navate con capriate a vista, oggi coperta dalle risistemazioni Seicentesche. La cupola ha una base ottagona mentre gli affreschi delle volte, ad eccezione di quello del presbiterio, sono stati realizzati tra il XVIII e il XIX secolo. Lateralmente, ogni navata ha cinque altari; due cappelle, una del Crocifisso e una della Vergine, chiudono il fondo delle navate.
L'interno della basilica si presenta ampio e spazioso, con colonne binate e il soffitto affrescato dove spicca l'uso dell'oro a impreziosire il lavoro di decorazione.
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