I lavori di restauro sono stati opera di Enrico Davide Bona, che ha presentato il progetto nel 1987. Nel 1991 l'istituto è stato ceduto in uso all'Università di Genova. Pochi anni dopo è stato avviato il primo intervento di rifunzionalizzazione con il recupero, tra gli altri, dell'Ex Oratorio delle Donne, oggi l'Aula Magna. La presenza dell'Università ha permesso all'Albergo di continuare le sue funzioni assistenziali, via via sempre più in diminuzione fino alla completa chiusura. Nel 2001 è stata siglata la cessione all'Università. In concomitanza sono stati avviati i lavori della "Fase 3 Fronte Mare", ancora non completati. Durante i restauri sono stati rifatti i tetti, è stata realizzata una nuova centrale termica, una nuova biblioteca con oltre 100mila volumi e spazi di sosta all'aperto.
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