Nel 1700, e ancora nella prima metà del XIX, il complesso subisce un periodo di decadenza con la costruzione di muri divisori e sopraelevazioni che sconvolgono completamente l'aspetto originale. Nel 1859 viene iniziato un progetto di restauro da parte dell'architetto Maurizio Dufour. I restauri definitivi sono stati realizzati solamente nel 1948. Ancora, gli ambienti intorno alla chiesa sono stati ripristinati nel corso degli ultimi quindici anni.
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