La flotta francese nel maggio 1684 cannoneggia Genova. I danni, pur gravi, sono nulla rispetto alle devastazioni dei bombardieri americani tra il 1942 e il 1944. Anche intorno a San Donato molto viene danneggiato e la chiesa perde il tetto e parte delle absidi. Si ricostruisce tutto, anche ciò che era stato rifatto nei restauri di fine 1800. La torre nolare, con tutta la struttura della chiesa sottostante, resiste ai bombardamenti e per molti anni campeggia sulle rovine.
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