In antico le chiese, e prima di queste gli oratori, sono un punto identitario delle comunità "foreste" che erano presenti nella città portuale. Prima della chiesa si ha notizia di un oratorio, che probabilmente era dedicato a un Damiano vescovo di Milano in età longobarda e fatto santo per aver riportato la chiesa milanese fuori dall'influenza dell'eresia ariana. Tre o quattro secoli dopo, nel 1296, forse perchè erano diventati importantissimi i rapporti con Costantinopoli, a Genova arrivano le reliquie di due santi orientali, Cosma e Damiano (diverso dal vescovo longobardo) e la chiesa si presta a cambiare target, rivolgendosi ai mercanti e agli equipaggi che venivano dall'Oriente.
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