Durante la Seconda Guerra Mondiale il complesso convenutale, da poco diventato museo, viene colpito dai bombardamenti degli alleati.
Questo lascia profondamente danneggiata la struttura, risistemata in pochi anni.
La piazza e l'edificio dove oggi sorge il museo, negli anni Cinquanta erano la sede di piccole botteghe che sfruttavano lo spazio degli edifici bombardati