Nel 1943 il palazzo venne colpito dalle bombe degli alleati. Lo scoppio provocò diversi danni strutturali soprattutto al secondo piano e in una porzione ridotta del primo. Le vibrazioni, tuttavia, portarono alla perdita di una delle tre stanze in cui lo Strozzi aveva lavorato seppur, fortunatamente, parzialmente. Subito dopo la guerra, Franco Albini intervenne per la riprogettazione e la risistemazione delle aree del palazzo danneggiate.
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