In epoca barocca l’edificio subisce notevoli lavori di ristrutturazione: l’arco a sostegno dei resti dell’abside centrale, un muro rettilineo che tronca il fondo della navata centrale sopra il Presbiterio, la realizzazione di un nuovo campanile triangolare all’altezza dell’abside di destra; la costruzione di volte ad archi per coprire la navata, l’ampliamento della cripta e modifica delle scale di accesso al presbiterio.