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Il museo è articolato in cinque sezioni: Botanica, Entomologia, Mineralogia-Petrografia-Geologia, Paleontologia e Zoologia. La Sezione di Zoologia gestisce le collezioni degli antichi Musei di Zoologia e di Anatomia Comparata dell'Università di Torino, oltre alle raccolte acquisite ex-novo dal Museo stesso. Si tratta di collezioni di grandissimo pregio, sia per ricchezza, che per importanza e rarità degli esemplari. Sono esposti anche animali vissuti nel passato nei serragli e nei giardini zoologici di Torino.
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