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La Confraternita della Misericordia aveva il compito di alloggiare i pellegrini e assistere i condannati a morte, e aveva origini assai antiche; nel Seicento veniva aggregata a quella di San Giovanni Decollato della Nazione Fiorentina di Roma. Fu così che i confratelli, lieti per l’alto riconoscimento, decisero di costruire una nuova chiesa dedicata al nuovo patrono, San Giovanni. I lavori iniziarono nel 1709, architetto risulta ignoto. Pochi anni più tardi veniva costruito il campanile Nel 1734 venne costruito il campanile, distrutto nell'Ottocento da un incendio, e il coro, su disegno dell’architetto Bernasconi. Nel 1767 lo scultore Rampone da Feletto scolpì i coretti, l’urna del Cristo morto, la statua di San Giovanni e i puttini dell’orchestra.