Il museo è allestito dentro il castello medievale dei Paleologi, che ospita le collezioni archeologiche in sei sale della struttura. Il castello, ubicato nel centro della città di Acqui, è annesso al grande parco sottostante. Le testimonianze dell'antica Aquae Statiellae, nota già nel II sec. a.C., dotata di importanti impianti, dall'acquedotto alle terme, al teatro, costituiscono il settore più importante del museo. Le altre sezioni sono dedicate alla preistoria, con manufatti risalenti al Paleolitico e al Mesolitico e ceramiche dell'età del Bronzo; un capitolo importante riguarda la Bollente e gli antichi impianti delle terme, dall'epoca romana al medioevo.
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