Venne incaricato l'ingegnere milanese Giacomo Soldati per la trasformazione dell'antica struttura esistente. Ma nel 1596 la costruzione venne interrotta e ripresa solo nel 1610 dall'architetto e ingegnere militare Ascanio Vitozzi da Orvieto (1539-1615), il quale apportò alcune significative modifiche innalzando il tamburo con la cupola, la sacrestia e il coro. L'impianto originario previsto da Soldati, improntato sul modello di tempio rinascimentale a pianta centrale, restò riconoscibile solo esternamente, mentre la modifica strutturale apportata da Vitozzi alla base della cupola, mutava sensibilmente l'aspetto interno, segnando il passaggio di secolo. Nel 1621 i cappuccini furono autorizzati a officiare la chiesa.
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