La chiesa di San Secondo venne colpita dalle incursioni aeree dell'8 dicembre 1942 e del 13 luglio 1943. Bombe incendiarie causarono danni ai vetri, lesioni ai muri esterni e alla facciata, danni alle volte e agli infissi. Nel giugno 1944, non ci fu alcun restauro: ma nel novembre 1944, risultavano effettuate riparazioni di fortuna. Attualmente sull'area sorge un moderno stabile di cinque piani fuori terra che ospita i locali della parrocchia di San Secondo.