Nel corso dei secoli, la chiesa subì svariati rifacimenti, oggi visibili nelle loro sovrapposizioni tecniche, materiali e di moduli edilizi. Nel 1569 la struttura venne ampliata, sopraelevando l’oratorio della confraternita dei disciplinati, ma poco meno di un secolo dopo (1638) fu oggetto di ulteriori lavori strutturali: si resero infatti necessari dei restauri per rimediare ai danni dell’incendio appiccato dalle truppe francesi, alleate dei Savoia di Carlo Emanuele I contro la Repubblica di Genova. Uno dei più massicci interventi fu avviato nel 1886 e si concluse dopo oltre dieci anni. Con esso, la fisionomia della Parrocchiale cambiò sensibilmente per assumere le forme odierne.
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