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L’abbazia era diventata nell'XI e XII secolo un centro di irradiazione della riforma monastica promossa da Guglielmo, attraverso la diffusione delle Consuetudines Fructuarìenses, cioè delle regole e degli usi della casa madre, basati sui codici del monastero di Cluny. Anche l'architettura della chiesa, pensata sulla base dell'esigenze dei monaci, risentiva dell'influenza clunicense: sullo schema di basilica a tre corte navate, si innestava un largo transetto con alle estremità cinque cappelle absidate, decorate da coloratissimi affreschi. In questo modo si avevano diversi altari, con la possibilità di celebrare più messe contemporaneamente e di ospitare processioni e cerimonie. Non erano previsti invece grandi spazi per i fedeli.