A inizio Settecento i Savoia si impadronivano delle terre abbaziali canvesane, cosiddette "terre papaline" e alla metà del secolo Carlo Emanuele III nominava abate commendatario il suo gran Limosiniere, il Cardinale Carlo Vittorio Amedeo delle Lanze. Questi voleva riportare Fruttuaria al suo antico splendore facendone una piccola Roma: fa così abbattere ciò che rimane della chiesa e del monastero romanici, ad esclusione del campanile, per costruire una nuova chiesa, che secondo la sua visione doveva ispirarsi alla basilica di San Pietro in Vaticano. Il progetto è affidato agli architetti Vittone e Quarini che si attengono alle volontà del cardinale. A metà Ottocento la chiesa diventerà una normale parrocchia della diocesi di Ivrea e il palazzo abbaziale verrà affidato nel 1879 a don Bosco e ai suoi salesiani.