Antica sede universitaria la cui nascita tradizionalmente si fa risalire al 1336 quando il papa Benedetto XII tramite il nunzio apostolico Bertrando di Deux concede «la facoltà di nominare capitani delle arti, consiglieri, notai di curia e delle riformanze».Il 13 aprile 1753, l'imperatore Francesco Stefano I di Asburgo Lorena estende la validità delle lauree camerti a tutto il territorio del Sacro Romano Impero e conferisce al rettore il titolo di conte palatino.Nel 1861, all'atto dell'annessione al Regno d'Italia, l'università è proclamata "libera" e rimane tale fino al 1958, quando diventa università Statale.